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Protein Structure Sampling
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分子结构预测工具Protenix

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SciCat: 科研人自己的猫娘

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量子化学/第一性原理

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Tensor Network agent based on Renormalizer

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原子算筹:国产开源第一性原理计算软件

First-Principle Calculation+1
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REST: Rust-based Electronic Structure Toolkit for molecular quantum chemistry

Quantum Chemistry+1

化学工具

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MolSculptor 多靶点药物设计工具

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化学信息学工具包

Chemiformatics

分子对接

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Deep Site Docking Pose (DSDP)

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GPU 加速的分子对接工具包

Molecular Docking

分子动力学

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LAMMPS-CHON-聚合物模拟

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分子动力学模拟(LAMMPS),用于CHON化合物模拟任务(例如聚合物)

Molecular DynamicsLAMMPS+1
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GPU加速的分子动力学模拟工具包

Molecular Dynamics

机器学习势

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MLIP-Agent

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面向 MACE 和 DP/DPMD 的 MLIP 工作流助手,支持结构检查、弛豫、分子动力学、表面/吸附、反应、声子、热学分析、弹性、EOS 和 IR。

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其他

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PySCF

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基于Python语言的量子化学计算软件包

Quantum Chemistry
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support flexible packmol generation

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GPU4PySCF

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GPU加速的量子化学计算软件包

Quantum Chemistry
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Identify the hotspot residues of a given target in PDB