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蛋白质工具
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RFdiffusion
蛋白结构设计工具RFdiffusion
betaProtein Structure Design
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bioemu
蛋白结构采样工具bioemu
betaProtein Structure Sampling
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ProteinMPNN
蛋白序列设计工具ProteinMPNN
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分子结构预测工具Protenix
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蛋白序列设计工具LigandMPNN
betaProtein Sequence Design
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蛋白结构比对和搜索工具Foldseek
betaProtein Structure Search+1
化学工具
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逆合成路线预测工具
betaChemiformatics
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ADMET 性质预测工具
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化学信息学工具包
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MolSculptor 多靶点药物设计工具
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分子对接
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Deep Site Docking Pose (DSDP)
GPU 加速的分子对接工具包
betaMolecular Docking
分子动力学
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LAMMPS-CHON-聚合物模拟
分子动力学模拟（LAMMPS），用于CHON化合物模拟任务（例如聚合物）
Molecular DynamicsLAMMPS+1
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SPONGE
GPU加速的分子动力学模拟工具包
betaMolecular Dynamics
量子化学/第一性原理
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GPU4PySCF
GPU加速的量子化学计算软件包
betaQuantum Chemistry
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PySCF
基于Python语言的量子化学计算软件包
betaQuantum Chemistry
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ABACUS
原子算筹：国产开源第一性原理计算软件
betaFirst-Principle Calculation+1
研究工具
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PDFReader
解析和总结 PDF 中的内容，可用于文献阅读。
betaPDF+1
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SciCat
SciCat: 科研人自己的猫娘
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其他
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In-Silico Protein Directed Evolution
机器学习辅助的蛋白质定向进化
betaProtein Design+1